先上图和总结:
氢或者精炼油不够用的，答案是需要烧掉多余的精炼油或者氢；
两种都不够用的需要的是加大力度。
简单说下，因为精炼厂的两种产物的合成用处差异太大，难以在消耗时进行配平，猜测部分老哥是通过储液罐子解决的。当然也不排除是产能过于小的问题。 像楼主一样把整个北半球的石油拉到一起精炼会有问题？
个人认为储液罐始终是有极限的，而且前期缺氢、后期缺油的局面只靠储存也不是办法。但这两种东西又都能用于火力发电，何不一劳永逸地"烧掉"冗余产物？
虽说楼主，上班摸鱼，画图画了半天图也画得很屎，其实用到的主要就两点，请配图食用:
1、利用叠层储藏箱(图中"日"型方格)的从第二层拿东西不会使用第一层的机制，用来定义"冗余产物"，避免影响氢和精炼油的真正用处;
2、利用四向分流器(图中菱形格子)的优先输入、输出的功能，按此顺序使用产物发电:氢>精炼油>原油=煤等备用燃料。
这个设计的好处我觉得是既不会影响实际使用、亦不会产生冗余卡生产。缺点是精炼厂可能永远停不了机和浪费原油，但是由于原油是无限的，而且这一套下来电力肯定有不少盈余，所以除了浪费CPU(指您的电脑CPU)问题也不大吧。
PS:其实最最简单的办法，应该是一堆精炼厂油全留、氢全烧，另一堆精炼厂反之。但我个人觉得这样没劲，而且有可能导致两边都卡发电而停电。
PSPS:手机码的，实在是用不来网页端发图和排版了，请多担待了 救救老年人吧 。